Seorang samurai pengembara, Kenshin Himura,masih bekerja untuk memastikan nilai-nilai yang dia perjuangkan sepadan dengan nyawa yang dihabiskan untuk mewujudkan era baru. Pernah dikenal sebagai Hitokiri Battousai,dia ditakuti sebagai pembunuh paling kejam dari semua revolusioner. Sekarang dihantui oleh rasa bersalah,Kenshin telah bersumpah untuk tidak pernah membunuh lagi sebagai penebusan atas nyawa yang dia ambil, dan dia mungkin tidak akan pernah tahu kedamaian sampai membunuh adalah masa lalu.

Sekarang di tahun ke-11 Meiji,Kenshin menemukan Kaoru Kamiya,pemilik dan instruktur kepala dojo kecil yang diancam akan ditutup. Kepolisian tidak berdaya untuk menghentikan serangkaian pembunuhan yang dilakukan atas nama dojo-nya oleh seorang pria yang mengaku sebagai Battousai yang terkenal. Pengembaraan Kenshin terhenti untuk saat ini saat dia bergabung dengan Kaoru untuk membersihkan kedua nama mereka. Tapi berapa lama dia bisa tinggal sebelum masa lalunya menyusulnya?